заставить pure-ftpd нормально работать с кодировками можно так:
# echo UTF-8 >/etc/pure-ftpd/conf/FsCharset
# echo CP1251 >/etc/pure-ftpd/conf/ClientCharset
# echo UTF-8 >/etc/pure-ftpd/conf/FsCharset
# echo CP1251 >/etc/pure-ftpd/conf/ClientCharset